Le SICTOM Sud-Allier est administré par une assemblée délibérante : le Comité Syndical. Les délégués titulaires et leurs suppléants qui le composent sont désignés au sein des conseils communautaires.
Le Comité Syndical constitue l’organe décisionnel, il prend des délibérations et élit le Président et les Vice-Présidents. Ces derniers exécutent les délibérations en s’appuyant sur différents services.
Parmi les 149 délégués, un Bureau est élu pour toute la durée du mandat 2026-2032. Le Bureau prépare notamment les réunions du Comité Syndical.
Il est composé de 14 membres, dont 4 vice-président(e)s.